Sau khi hãn quốc sụp đổ, người Uyghur chia làm ba bộ phận chính thiên di về phía tây

• Một bộ phận thiên di đến bồn địa Turfan, xưng là Cao Xương Hồi Cốt hoặc Tây Châu Hồi Cốt.
• Một bộ phận di cư đến phía tây dãy núi Pamir thuộc khu vực sông Chuy, xưng Thông Lĩnh Hồi Cốt. Dung hợp với người Cát La Lộc.
• Một bộ phận di cư đến hành lang Hà Tây, xưng Cam Châu Hồi Cốt, về sau trở thành cư dân bản địa của Hà Tây, là tổ tiên của dân tộc Yugur hiện nay.

Các bộ phận còn sống tại lãnh địa cũ hợp nhất vào người Khiết Đan, nên có thuyết Khiết Đan có một nửa là Hồi Cốt. Hoàng hậu Thuật Luật Bình của Liêu Thái Tổ Da Luật A Bảo Cơ là người Hồi Cốt. Một bộ phận di chuyển xuống phía nam, huynh đệ Ô Giới khả hãn đã đào thoát đến Đường. Bộ phận này có khả năng trở thành người Ongud.

Hãn quốc Kara-Khanid (Khách Lạt hãn quốc, 940-1212) cũng được cho là do một nhánh người Uyghur lập nên (Yagma) đã cải sang Hồi giáo vào năm 934 dưới sự lãnh đọa của Sultan Satuq Bughra Khan từ Artush gần Kashgar. Lãnh đạo Cao Xương Hồi Cốt Idiqut Barchuq tuyên bố trung thành với Thành Cát Tư Hãn vào năm 1209, và người Uyghur trở thành các bầy tôi quan trọng của đế quốc Mông Cổ sau đó, chữ Uyghur đã trở thành chữ viết chính thức của dân tộc.